MMPBSA计算脚本小计
脚本最终输出结果包括结合能数据、残基分解数据和可视化图表，结果被保存在CSV文件中，命令行输出结合能总结。使用方法包括修改Python脚本中所需的参数，如运行核数、帧时间间隔、文件路径以及蛋白配体的index号。运行命令后，可得到每步耗时、计算的构象熵变、结合能、总耗时等信息。
GROmacS蛋白配体分子动力学模拟预处理过程简要笔记
GROMACS蛋白配体分子动力学模拟预处理过程简要笔记：蛋白质文件准备：从PDB下载编号为2BEG的pdb文件，该蛋白质结构由NMR方法测定。使用pymol检查蛋白质结构完整性，确保N端及C端正确，必要时使用SwissPdbViewer添加缺少的OXT原子。删除不必要的字段后，保存为最终的protein.pdb文件。
模拟结束前，通过监测体系参数变化以及配体蛋白的动态轨迹，确认预平衡过程是否有效。可使用命令从xxx.edr文件中提取相关数据，并利用xvg文件可视化参数变化，确保能量最小化、NVT预平衡和NPT预平衡过程达到预期效果。同时，通过pymol监测蛋白配体的动态轨迹，检查有无异常。
配体径向分布：分析稳定时期配体到蛋白质表面的径向分布函数，获得配体到蛋白质表面的距离信息。利用 A 类型粒子与 B 类型粒子之间径向分布函数公式，计算稳定模拟最后 15ns 配体 1ZIN 到蛋白质表面的径向分布函数，并展示结果图。
实验目的：使用Gromacs2对评价最好的模型进行动力学模拟。实验步骤：预处理：通过命令行启动gmx pdb2gmx，选择力场为Amber99sb和溶剂模型为Tip3p。构建模拟盒子：设置溶剂层厚度为0.8nm。对比了cubic、triclinic和dodecahedron三种盒子中的水分子数目差异，并记录结果。
和选择组（LIG），以及球层宽度（0.01），可以计算并输出RDF值。RDF图可以直观地展示配体原子在蛋白质表面附近的分布情况。以上命令是GROMACS中常用的结果分析命令，通过这些命令可以对分子动力学模拟结果进行深入的分析和解读。在实际应用中，需要根据具体的研究问题和模拟体系选择合适的分析方法和参数。
-ref protein：指定参考组为蛋白质。-sel LIG：指定选择组为配体LIG。-bin 0.01：指定距离分箱的宽度为0.01纳米。-surf mol：计算到分子表面的RDF。以上命令涵盖了GROMACS中分子动力学模拟结果分析的一些常用方法，包括周期性校正、RMSD分析、RMSF分析、B-factor计算、回旋半径分析和RDF分析。
切菜用的塑料砧板是什么材料
1、PE切菜板（塑料菜板）在材质为食品级的情况下是无毒的，可以安全使用。以下是具体分析：PE材料的化学稳定性 PE（聚乙烯）是一种化学稳定性良好的材料，可以抵抗大部分酸、碱、有机溶液以及热水的侵蚀。这种特性使得PE材料在食品领域有着广泛的应用，包括用于制作食品包装和砧板等。
2、首先，从材质上来说，pe塑料菜板是一种由聚乙烯材料制成的砧板，相比于木菜板，pe塑料菜板更加轻便，更容易搬运和清洁。木菜板则是由木材制成，因此更具有质感和美观度。
3、聚乙烯塑料pe板是一种合成树脂，具有塑料、柔软、触感舒适且透明、质量好等优点，目前已在许多方面应用于塑料袋、保鲜膜等。 聚乙烯塑料板也是这种材料的应用方向，聚乙烯塑料板会带来积极的用途，发挥广泛的作用。PE板的优点是耐酸、碱、盐、油和其他有机溶剂，具有优良的耐腐蚀性。
4、塑料切菜板主要由聚丙烯，聚乙烯等制成，不适合切一些脂肪食物，否则很难清洗，塑料切菜板不耐高温，切热的东西很容易变形，切菜板中包含铅和镉等增塑剂，对人体仍然非常有害。 此外，长期使用塑料切菜板还可以轻松切掉随食物一起进入体内并损害肝脏和肾脏的碎屑。
金毛的狗窝怎么选
1、金毛的狗窝怎么选金毛犬窝选择需兼顾尺寸适配、材质耐用、结构科学，重点关注支撑性和清洁便利性。尺寸选择标准长度标准：窝长=犬身长+20cm金毛成年体长通常70-90cm，窝具需要允许侧躺伸展。
2、耐用材质：选择防水、易清洁的厚实塑料或木质结构，避免幼犬啃咬破坏。保暖与通风：冬季加可拆卸软垫，夏季确保透气网布或通风孔。 其他注意事项 入口设计：幼犬期可用半封闭式（如拱形入口），成年后保留开放式或扩大入口。活动区域：狗窝外预留足够空间（如庭院或室内固定区域），满足日常活动需求。
3、适合金毛犬的狗窝有很多，有木质狗窝、布艺狗窝、不锈钢狗窝，但相比之下木质会更有优势一些。如果是室内饲养，就不必太讲究了，狗窝会占据很大的空间，可以给金毛犬选择一个大垫子就可以了，这样狗狗不会有约束感，毕竟室内的温度还是很舒服的。
4、材质：木质狗窝是金毛的理想选择。木质狗窝通常采用纯天然环保实木制作，对人和狗狗都无害。而且木质狗窝坚固耐用，不怕咬，不怕脏，还具有良好的隔凉防潮湿效果，能起到冬暖夏凉的作用。室内饲养：如果是室内饲养的金毛，可以选择一个大垫子作为狗窝，垫子长度约6米，宽约0.9米，厚度36厘米都可以。
5、选择合适的地点 安静且靠近家人：金毛是社交型犬种，喜欢陪伴，窝最好放在家人常活动的区域（如客厅角落），但避免高频噪音（如电视、洗衣机旁）。避风保暖：远离门窗风口，冬季可铺毛毯，夏季保持通风（如用透气藤编垫）。
